分城在三国志战略版中进行迁城操作会带来直接的资源消耗和领土控制权的损失。迁城需要支付固定的500金铢费用，无论主城或分城迁移都需承担这一成本。完成迁城后，原先占领的11块土地将恢复为中立状态，其他玩家可以自由攻占这些地块，迫使玩家重新投入兵力开拓领地。迁城还需满足名声值达到5000点的门槛，并触发72小时的冷却时间，在此期间无法再次迁城，限制了紧急战略调整的灵活性。如果分城处于被俘虏状态或正在进行建筑升级，迁城操作将无法执行，进一步增加了战略实施的难度。
拆除分城会导致所有建筑和已研究科技被清零，这意味着此前投入的资源与时间成本完全损失。分城的资源建筑如农场、采石场等会停止运作，直接影响木材、铁矿、石料和粮食的每小时产量，造成资源短缺。预备兵营和征兵队列的消失会降低兵力补充效率，在多线作战时可能面临兵力不足的困境。分城通常可额外配置五支队伍，拆除后这些队伍将无法使用，需重新调整主城部队部署，主城的征兵压力会显著增加，影响持续作战能力。拆除操作不可逆，必须在资源充足且战略目标明确的前提下进行，以避免不必要的损失。
分城被土匪攻击时会面临资源掠夺和生产中断的严重损失。成功攻击后，分城将损失仓库资源的80%，若扣除后资源仍超过100万，则仅保留100万上限，超量部分直接清零。被掠夺后分城会进入24小时的战乱状态，期间无法产出资源，且资源加成失效，严重影响发育节奏。土匪虽无法俘虏分城，但频繁骚扰会拖慢发展进程，尤其当分城处于关键战略位置时，防御压力将显著提升。分城建筑在战乱期间虽能正常运作，但停产损失需纳入长期规划考量，以避免资源链断裂。
分城被俘虏后将导致所有生产功能瘫痪和战略价值丧失。被俘虏状态下的分城资源无法生产，农场、采石处、伐木场等建筑的加成效果都会消失，严重影响资源采集速度和储备上限。脱离俘虏状态需要缴纳资源直至进度达到100%，或由盟友攻打俘虏主城将耐久度降至零才能解救，这一过程可能耗费额外资源和时间。如果主城被俘，需优先解救主城，分城的独立运作能力受限，会进一步加剧整体战略劣势。及时与盟友沟通并获取支援是减轻损失的关键措施。
分城的损失还可能影响长期战略布局和同盟协作。拆除或迁城后，分城提供的额外部队编制上限、铜币产量及防御加成将消失，可能打破整体战力平衡。若分城原本位于资源州或战略要地，其丧失会削弱区域控制力，影响联盟整体布局，甚至让出关键据点。分城与主城资源互通但建筑科技独立，损失分城会导致重建需从零开始，占用大量资源和时间。在资源不足时强行建造或拆除分城，可能拖累主城发育，因此必须在充分评估同盟需求和自身发展阶段后决策。
